１３年１２月 海軍少尉補に任ぜられ１４年に軍艦「扶桑」乗組となり、同艦の乗組員だった斎藤実とは特に後年まで信頼しあう仲となった。
１６年に海軍少尉に進み１７年１月「浅間」乗組に補し、５月には艦の副長であった山本権兵衛に評価推薦され砲術教授に任命されている。
１８年６月 海軍中尉に昇進、１９年４月 参謀本部海軍部第１局課員に補し７月に海軍大尉に進んだ。
当時海軍内には海軍戦略戦術に通じる者もおらずその研究資料も乏しい中、戦術をまとめた論文を発表したり戦術の実地演習の演習法を考案したりと海軍の戦術の進歩に貢献していく。

３２年９月 大佐に進み軍令部第２局長を経て巡洋艦「須磨」に補せらる。
３３年６月 北清事変が起こるや渤海湾北西大沽の警備を命ぜられ司令官として指揮を執ることとなり陸戦隊を率いて活躍した。
事変に於いて発揮した武勇は日本陸海軍の価値を世界に示し称賛を得ることとなり速雄の活躍もその一端を担った。
また陸戦隊を率いた速雄自身も目覚ましい働きで日本軍の規律の正しさ、根気強さを連合軍内で発揮しイギリスのシーモア海軍中将より感謝状を貰っている。

「懲罰人事を断行する以上は発案者でもある自分も責任をとる事で司令部の責任も明確にする。」
として自らは第２艦隊第２戦隊司令官に転任した。
これには旅順港閉塞作戦の失敗と戦艦、艦艇の喪失事故や黄海海戦の駆逐艦隊の夜襲の失敗が 東郷に及ぶのを恐れたため自ら責任を負ったとも云われる。
自らの後任には加藤友三郎を、駆逐艦隊司令官には鈴木貫太郎を推薦し司令部を去っていったが 速雄の推薦した両人の活躍を見るとその見識の高さが窺える。
また自らも「軍事の天才」と言われていたにも関わらず「作戦は天才に任せる」と秋山真之を作戦参謀に推薦し連合艦隊の作戦すべてを任せたのも、体調を崩し戦線を離脱した有馬良橘の意を汲んだ島村であった。

第二艦隊第二戦隊司令官に転任後、哨戒任務などの裏方にまわっていたが来るべきバルチック艦隊との最終決戦においてどこで迎え撃つか作戦会議が開かれ各艦隊司令官も招集された。
バルチック艦隊の航路は津軽海峡、宗谷海峡、対馬水道に絞られていたが津軽、宗谷海峡勢が多数を占める中、汽艇故障の為に遅れた速雄が到着し対馬水道説を主張するや場の空気は一転し速雄等の案を採用。
かくしてバルチック艦隊は対馬水道を航海し迎え撃つ連合艦隊により壊滅するのである。
このエピソードでも日本海軍における速雄が如何に重きを為していたかが想像できる。

日本海海戦ではバルチック艦残存艦捕獲の際、唯一逃走成功した「イズルムード」への追撃を
「まあまあ、武士の情けだ」
と見逃し、また先の旅順閉塞作戦中には、戦機と焦る秋山真之が負傷者収容を打ち切って追撃しようとするのを見て 「瀕死の戦傷者を打ち棄ててゆくとは何事ぞ、とにかく作業を続行せんか」
と一喝している。

日露戦争が終わると、日本に初めて練習艦隊が正式に組織され速雄は初代司令官となった。
３９年１１月 海軍兵学校校長に、４０年４月 第二回万国平和会議に日本海軍の代表としてオランダのハーグへ出張している。
４１年８月 中将に進むとともに海軍大学校校長に補せらる。

第二回万国平和会議日本全権 前列右端が速雄で左より二人目には秋山好古の姿も

練習艦隊司令官時代の速雄

この頃、博文館の雑誌『太陽』が２２周年を記念して企画した
「次代の適任者は誰か」
という読者投票企画で速雄は「次代の連合艦隊司令長官」部門で第１位となった。
その記事の為にインタビューにきた博文館支配人、坪谷善四郎に対し
「日清戦争では伊東司令長官と参謀長を上に頂いて御奉公しただけでした。日露戦争での戦勝は東郷司令長官と名参謀たちによるもので、自分は特段の働きをしておりません。もし将来自分が連合艦隊司令長官を拝命し、業績を残して職務を全うしたなら、そのときに初めてお受けします」
と表彰を承諾しなかったが、このインタビューの様子が記事となり、謙譲の美徳の体現者としてさらに評価を高めた。

４２年１２月 第２艦隊司令長官に就任、イギリス国王ジョージ五世の戴冠観艦式に参加する。
またこの時イギリス留学時代の落馬事故の際入院していた病院に当時の看護婦がまだいると聞き、自ら土産を持って訪問したりしている。
４４年 佐世保鎮守府司令長官に補し、大正３年 海軍教育本部長に転じるも一ヵ月足らずでシーメンス事件で辞任した伊集院五郎の後を受け軍令部長に就任。
第一次世界大戦が起こると海相となっていた加藤友三郎とよく日本海軍を統率し大正天皇より勅語を下賜されている。
それらの功により４年には海軍大将となり、５年男爵を授爵し華族となった。
また第一次世界大戦でアメリカが頭角を現し、新兵器などの出現が戦争を一変したことなどにより世界の軍拡競争の中で日本が生き残る為には所要兵力として「八八艦隊」建設を目標とした。
９年には「八八艦隊」案も予算が通過したのを見届け軍令部長を退き軍事参議官となった。
軍事参議官は閉職であったがその後も島村は日本海軍を影で支え続けた。

大正１１年９月より筆を思うように運べない、外国語がうまく話せないなどの脳血栓の症状が出るようになった。
１０月に倒れその後病状は悪化していき１２年１月８日朝危篤となり薨去。
死に際し元帥府に列せられ高知県初の元帥となった。